L'air qui nous entoure n'est pas toujours homogène, les raisons de cette hétérogénéité sont souvent liées à des différences de températures (c'est d'ailleurs pour cela qu'il y a des mirages), un rayon lumineux tranversant un milieu non homogène est dévié. Un tel rayon sera tantôt perçu par l'oeil, tantôt pas perçu... d'où le ''clignotement'' qui apparait comme un scintillement.

C'est ce phénomène qui est aussi à l'origine des tremblements perçus lorsqu'on regarde par dessus le capot d'une voiture en été, au travers d'une fenêtre sous laquelle se trouve un chauffage.

C'est aussi pourquoi le téléscope Hubble a eu autant de succès: dans l'espace, les étoiles ne scintillent plus puisque leur lumière ne traverse plus l'atmosphère.