L'AFSSA a été crée en avril 1999 à la suite à la révélation au grand public de problèmes sanitaires graves. L'Agence Française de Sécurité Sanitaire des Aliments a pour missions d'évaluer, en toute indépendance, les risques liés à l'alimentation humaine ou animale, de son origine jusqu'à sa consommation. Elle a vocation d'alerte, d'expertise, de recherche et accompagnement aux investigations en matière d'alimentation et de prophylaxie vétérinaire.

Elle est en charge de l'évaluation des effets des produits alimentaires, phytosanitaires et pesticides. Son avis, consultatif, est une aide décisionnelle majeure pour les politiques, en matière de santé publique. Depuis le 1er juillet 2010, elle a fusionné avec l'AFSSET au sein de l'ANSES, étendant ses compétences à la sécurité du travail et de l'environnement.