Nous avons deux intestins, le grêle et le gros intestin, chacun correspondant à une phase spécialisée du transit. Constitué de deux parties, le duodénum, suivant l'estomac et mesurant 25 à 30 cm et le jéjuno-iléon, long de 6 mètres et animé de contractions permanentes, l'intestin grêle achève la digestion et assure l'assimilation des nutriments au travers d'une surface interne développée d'environ 300 mètres-carré.

Le gros intestin d'environ 1,50 mètres de long pour 6 centimètres de diamètre est composé de 5 parties: le caecum attaché au grêle, les côlons ascendant, transverse, descendant et sigmoïde et le rectum. Il est le réservoir de stockage des déchets avant leur expulsion.