On constate des ambiguïtés entre zoologie et botanique car alors que la zoologie étudie les animaux et la botanique les plantes, certains êtres vivants ont du mal à trouver leur place car à la frontière entre les deux disciplines.

La distinction étant si peu évidente que les savants du XIXe siècle ont crées des sous-classes comme les ''zoophyte'' ou animaux-plantes parmi lesquels on trouvait pêle-mêle les éponges, anémones de mer, coraux, méduses, planctons et autres étoiles de mer, aujourd'hui formellement classés parmi les animaux, alors que les Bryotypes comme les algues rouges ont définitivement rejoint le monde des végétaux.

A contrario, le cas de certaines lignées de protozoaires reste toujours litigieux.