La composition cristalline de certaines pierres précieuses est constituée de telle façon qu'elle absorbe certaines fréquences de couleurs, donnant ainsi une coloration à la pierre.

La couleur des pierres peut aussi être due à la présence d'impuretés ou de résidus métalliques dans leur composition. Ces impuretés et ces résidus influent eux aussi sur la couleur des pierres.

Ainsi, on pourra citer la présence de chrome et de vanadium pour l'émeraude par exemple ou encore de titane (et de fer) pour les saphirs.

C'est pour cette raison qu'un diamant a plus de valeur s'il est complètement transparent. L'absence de couleur est alors synonyme de pureté de la pierre.