En fait, contrairement à l'idée reçue, ce ne sont pas les virus qui sont de plus en plus résistants, mais les bactéries.

Alors pourquoi les bactéries deviennent-elles de plus en plus résistantes aux antibiotiques ? : c'est la séléction naturelle.

Dans les hôpitaux, les bactéries se retrouvent en présence d'antibiotiques et meurent. Il arrive qu'au hasard une bactérie acquière une résistance à un antibiotique (c'est une mutation spontanée et aléatoire). Cette bactérie aura un large avantage sur les autres et pourra se développer. Ainsi naît une colonie de bactéries résistantes à un antibiotique !
Si cette population est soumise à un autre antibiotique, elle pourra peut-être développer une nouvelle résistance.

Comme tout le monde prend de plus en plus d'antibiotiques il y a de plus en plus de bactéries résistantes !

En ce qui concerne les virus, leur pseudo-resistance provient du fait qu'ils peuvent muter. Le virus de la grippe en est un très bon exemple.
La résistance des virus est due à l'accumulation de mutations qui le plus souvent modifient la cible du médicament (une protéine virale en général).