Pendant la fabrication du fromage, du CO2 peut se former. Si la pâte est très visqueuse, le CO2 va rester piégé et former les bulles qui, une fois la pâte durcie, donnent les trous.
Manon a commenté cette question : Je ne sais pas si c'est pareil pour l'emmental, mais pour le comté, les trous qui ci trouvent parfois sont dus à l' instrument utilisé pas les fromagers pour "creuser" la meule, et en retirer une partie afin de le gouter. Ils découpent un morceau de la carotte obtenu et replacent le reste à sa place, il manque donc un bout de comté qui a été mangé par le fromager, ce qui fait un trou ! =)