Il y a sans doute plusieurs raisons.

La première tient à l'exonymie, qui consiste à ''traduire'' un nom propre étranger.
Ainsi ''Deutschland'' devient ''Allemagne'' en français et ''Germany'' en Anglais.
L'exonymie est surtout motivée par la volonté d'imposer la langue qui l'utilise et n'est pas limitée au français : Paris devient Parigi en Italien et Aix-la-Chapelle (ville d'allemagne) est appelée Aachen en allemand.

Une seconde raison est valable pour les langues n'ayant pas le même alphabet que le nôtre (comme le cyrillique, le yiddish, le chinois, le japonais etc...) qui consiste soit à traduire le sens du nom soit à l'adapter phonétiquement.
Ce procédé a donné évidemment des approximations comme pour Pékin (aussi appelé Beijing), qui parfois à été en plus suivi par le phénomène d'exonymie.

Pour finir, l'histoire même d'une ville peut expliquer le phénomène. Ainsi le nom d'une ville envahie a pu être traduit pour des raisons évidentes (comme la ville de Nice).