La règle du ''m'' devant un ''p'' et un ''b'' existe bel et bien mais ne s'applique pas à ''bonbon''.
Pour comprendre l'orthographe d'un mot, il faut connaître son étymologie.
D'où vient le mot bonbon ? Contrairement à la majorité des mots qui forment la langue française, bonbon n'a pas de racine latine. Il vient de la répétition d'un adjectif (bon). Quand on demande aux enfants : C'est bon ? Ils répondent bon...bon.
Le mot bonbon est donc emprunté au langage des enfants. Les mots qui obéissent à la règle du «m» avant le «b» ont une histoire différente du mot bonbon. Ces mots, comme la plupart des mots français, ont une origine latine.
Par exemple, le mot bombe a été emprunté en 1640 au mot italien bomba qui vient lui-même du mot latin bombus.