L'explication au ''f'' final de clef est simple : le mot ''clé'' est issu du latin ''clavis'', on peut facilement expliquer le ''f'' par des raisons phonétiques.

Sans rentrer dans les détails, la syllabe finale chute lors de l'évolution du latin vers l'ancien français, le ''a'' tonique s'affaiblit en ''e'' tonique et le ''v'' alors en finale absolue du mot devient son équivalent sourd : le'' f''. D'où clef.

En français moderne, on utilise plus volontiers l'orthographe clé, moins archaïsante.