L'origine de cette expression n'est pas connue précisément.
Si elle est bien attestée à la fin du XVIIIe siècle, les lexicographes modernes ne sont pas d'accord sur son histoire.

Voici les différentes hypothèses les plus fréquentes :

Certains évoquent l'an 1040, que les gens de l'époque auraient supposé être celui de la fin du monde, parce qu'étant l'an 1000 auquel on ajoute la durée de vie du Christ (40 ans).
Mais le doute est permis, puisqu'on m'a toujours dit que le Christ avait été crucifié à l'âge de 33 ans. En outre, cette expression ne serait-elle apparue que 7 siècles plus tard, si on avait vraiment dû se moquer de cette date dont tout le monde aurait eu peur pour rien ?

Selon Littré, il s'agirait d'une raillerie, par les royalistes, de l'an 40 de la République, année jamais atteinte par le calendrier républicain, mais sans qu'on sache vraiment pourquoi le chiffre 40 a été retenu alors que ce calendrier a eu une durée de vie bien plus courte.

Il pourrait également s'agir d'une plaisanterie des sans-culottes sur l'âge qu'aurait eu Louis XVI quelques jours après avoir un peu perdu la tête, grâce à l'invention de monsieur Guillotin.

Elle viendrait enfin de la déformation d'une expression très populaire au XVIIIe siècle, y compris bien avant la révolution : ''s'en moquer comme de l'Alcoran'', ce dernier désignant le Coran à cette époque.
Alain Rey la rejette, faute de preuves, mais Claude Duneton la défend.
Il existait en effet, juste avant la révolution, un très populaire roman d'anticipation de Louis-Sébastien Mercier intitulé ''L'an 2440, rêve s'il en fut jamais'' dans lequel un monde idyllique était décrit. Cette société plein de bonté, de sagesse et d'égalité (utopique, quoi !) d'un futur très lointain aurait provoqué les sarcasmes des sans-culottes supposés amener eux-mêmes une vie bien meilleure que celle sous la royauté.
Et ce serait le mélange de l'indifférence portée à cet an 40 très éloigné et de celle portée à l'Alcoran qui aurait transformé l'expression originale.