Autrefois, cette locution était précédée de verbes comme 'frapper', 'taper' ou 'cogner' (quelqu'un). Maintenant, on utilise plutôt 'sauter' ou 'tomber' (sur quelqu'un).

Cette expression est déjà citée dans le premier dictionnaire de l'académie, en 1694, avec le sens de "sans aucune mesure, très violemment".
Mais sachant qu'on donne en général un coup avec le bras en extension, donc allongé, qu'est-ce qui peut justifier ce lien entre 'violent' et 'raccourci' ?
On peut imaginer que cela vient du repliement du bras qui précède le mouvement du coup, d'autant plus qu'en 1740 l'Académie signale l'expression "raccourcir le bras" pour "replier le bras".

En fait, la vérité semble être ailleurs.
Le bras n'est en effet pas le membre, mais la manche (comme dans la locution "en bras de chemise"). Et l'expression ancienne "les bras retroussés" confirmerait alors l'allusion à ces manches qu'on retroussait, donc qu'on raccourcissait, avant de sauter sur le dos de l'adversaire pour tenter de lui mettre une pâtée.

"Pourquoi" soumis par : Cocotete
Source pour la reponse : JeanPhilippe