Les points de côté viennent d'une mauvaise oxygénation de trois muscles qui se rejoignent à la base des côtes (le diaphragme, les intercostaux et les abdominaux)

Un gros muscle, le diaphragme, sépare horizontalement la partie thoracique (qui contient les poumons) de la partie abdominale (essentiellement l'appareil digestif) du corps humain.
Ce muscle, invisible et que l'on ne sent pas, est le muscle principal de la respiration. En se contractant, il s'abaisse, dilate les poumons et entraîne l'inspiration.
A l'inverse lorsqu'il se relâche, il s'élève et comprime les poumons, déclenchant ainsi l'expiration. Lors des efforts l'accélération des contractions-décontractions du diaphragme peut être à l'origine de l'apparition d'une crampe, soit du côté droit soit du côté gauche car il est en fait constitué de deux parties distinctes.

Il est possible que cette crampe soit ce que l'on perçoit comme le point de côté.
Elle proviendrait donc d'une contracture du diaphragme ou des muscles abdominaux, liée à l'accélération rapide de la respiration.

"Pourquoi" soumis par : loleq
Source pour la reponse : Benoît