Sous l'Ancien Régime, le cordon bleu était la plus illustre des décorations, l'insigne des Chevaliers du Saint-Esprit, ordre institué en 1578 par Henri III pendant les guerres de Religion afin de regrouper les principaux chefs du parti catholique contre les protestants.

Aboli à la Révolution, le cordon bleu constitua pendant deux siècles la distinction suprême dans l'aristocratie française, quelque chose comme les plus hauts grades de l'actuelle Légion d'honneur, qui n'a fait d'ailleurs que lui succéder.
La locution pouvait donc s'appliquer par métaphore à tout ce qui est d'une rare élévation. Ainsi un poète du XVIIe siècle qui souhaitait se faire admettre à l'Académie française déclara que cette assemblée était "le cordon bleu des beaux esprits"; il fut élu.

Cependant, selon d'autres sources, l'application culinaire est fondée sur des faits plus précis : certains seigneurs de haut parage, tous dignitaires du Saint-Esprit et porteurs du cordon de l'ordre, avaient pris l'habitude de se réunir en une sorte de club gourmand pour cultiver l'art du bien-boire et du bien-manger.

Leurs déjeuners devinrent célèbres et l'on employa un temps l'expression faire un repas de cordons bleus.
Façon de parler qui a passé des gourmets tombés dans l'oubli aux préparateurs des plats eux-mêmes, tous cuisiniers et cuisinières de haute volée.

"Pourquoi" soumis par : Srondet
Source pour la reponse : Claude DUNETON, "La puce à l'oreille".